Порядок возврата излишне уплаченных (взысканных) таможенных платежей определен Решением Коллегии Евразийской экономической комиссии (ЕЭК) от 10.12.2013 № 289. Для осуществления возврата декларант должен представить обращение, заполненную Кодексом таможенного дела (КДТ) в электронном виде, а также документы, подтверждающие изменения или дополнения, в случае изменений сведений о таможенной стоимости товаров также Декларацию таможенной стоимости (ДТС). В случае неверного заполнения граф КДТ таможенный орган имеет право отказать во внесении изменений, однако декларант имеет право обратиться повторно, представив обращение и КДТ, заполненную с учетом замечаний таможенного органа. 

При восстановлении тарифных преференций необходимо заполнить графу 36 в части преференций по пошлине (Экономический регламент во втором элементе графы 36), подтверждающие документы указываются в графе 44 ДТ. Заполняется графа 47 ДТ, строка с исчислением ввозной таможенной пошлины остается, проставляется способ уплаты Учетная накладная (УН), в дополнительной пустой строке проставляется Учетная мемориальная (УМ). В графе В ДТ по каждому виду платежа указывается предыдущая сумма, изменения и сумма возврата, а также общая сумма, подлежащая возврату. При корректировке таможенной стоимости в сторону уменьшения заполняются графы ДТ 12, 45 с указанием старой и новой таможенной стоимости, 45а, в графе 47 исчисление производится в соответствии с новой таможенной стоимостью, в графе В указываются суммы, предыдущие суммы, изменения, а также суммы возврата по пошлине и НДС и общая сумма, подлежащая возврату. 

Возврат излишне уплаченных (взысканных) таможенных платежей осуществляется в форме зачета на лицевой счет плательщика, поступление денежных средств можно отследить в «Личном кабинете участника Внешнеэкономической деятельности» (ВЭД). Что касается сроков, регистрация обращения декларанта о внесении изменений в ДТ после выпуска товаров осуществляется не позднее 1 часа рабочего времени таможенного органа с момента подачи обращения или документов, срок рассмотрения таможенным органом обращения не превышает 30 календарных дней. Возврат (зачет) излишне уплаченных (взысканных) таможенных платежей производится в форме зачета не позднее 3 дней со дня, следующего за днем обнаружения факта излишней уплаты или взыскания, в счет авансовых платежей. Уведомление о возврате направляется через «Личный кабинет» не позднее 1 рабочего дня, следующего за днем возврата. Срок возврата по судебным решениям следующий: с даты вступления в законную силу решений суда таможенный орган формирует решение о внесении изменений в ДТ и осуществляет возврат таможенных платежей в форме их зачета на лицевой счет плательщика не позднее 3 рабочих дней со дня, следующего за днем обнаружения факта излишней уплаты или взыскания, в счет авансовых платежей (то есть с даты формирования КДТ). Таким образом, если в решении суда нет формулировки о возврате на расчетный счет, денежные средства возвращаются на лицевой счет плательщика в счет авансовых платежей. С лицевого счета можно вернуть денежные средства на расчетный счет. Возврат авансовых платежей осуществляется по заявлению плательщика не позднее трех лет со дня, следующего за днем последнего распоряжения об их использовании. Заявление о возврате авансовых платежей подается либо в письменной форме (заказным письмом с уведомлением, подписывается собственноручно, форма заявления утверждена приказом Федеральной таможенной службы (ФТС) России от 10.01.2019 № 7), либо в электронной форме через «Личный кабинет», где в автоматическом режиме формируется уведомление о суммах подлежащих выплате процентов, и за выплатой процентов можно обратиться также через «Личный кабинет». 

Проценты начисляются только на излишне взысканные таможенные платежи, при этом излишне взысканными признаются суммы таможенных пошлин, налогов и иных платежей, взимание которых возложено на таможенные органы, взыскание которых осуществлялось в соответствии с положениями главы 12 Федерального закона от 3.08.2018 № 289-ФЗ. Когда в результате корректировки в сторону уменьшения произошел зачет денежных средств и подтвердилось излишнее взыскание, программным средством в автоматическом режиме начисляются проценты и направляется уведомление участнику Внешнеэкономической деятельности через «Личный кабинет», где указана сумма процентов. Участник ВЭД может вернуть их либо на расчетный счет, либо распорядиться, чтобы они были зачтены в счет авансовых платежей. Расчет процентов производится с того момента, когда произошло взыскание, то есть это будет день, следующий за днем взыскания, по день их фактического зачета на лицевой счет. Например, если взыскание было 13 июня 2023 года, а зачет произведен 12 февраля 2024 года, то расчет процентов будет с 14 июня 2023 года по 12 февраля 2024 года. Расчет процентов производится в соответствии с 1/360 ключевой ставки Центрального банка Российской Федерации. Следует отметить, что ключевая ставка периодически меняется, и в любом случае проценты будут начисляться по разным ставкам, это надо тоже учесть, когда производится расчет процентов. Подать заявление о выплате процентов участник ВЭД может в электронном виде через «Личный кабинет» либо на бумажном носителе, но в последнем случае оно должно быть подано в соответствии с формой, установленной приказом ФТС России от 7.05.2019 № 766, к нему следует обязательно приложить нотариально заверенный документ, подтверждающий полномочия лица, подписавшего заявление, и образец подписи этого же лица, также заверенный нотариально. Сроки рассмотрения заявления установлены статьей 67 Федерального закона № 289-ФЗ: там ссылка на статью 36, где четко говорится, что заявление и принятие решения рассматриваются не позднее 10 рабочих дней с момента подачи такого заявления в таможенный орган. По желанию участника ВЭД можно провести выплату процентов в форме зачета в авансовые платежи – тогда заявление рассматривается в срок не позднее 5 рабочих дней со дня, следующего за днем поступления заявления.