С 29 июня 2011 года  планируется передача таможенным органам полномочий по осуществлению в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации транспортного контроля  в полном объеме, а также полномочий по приему и проверке документов в отношении грузов, товаров и животных, необходимых для осуществления иных видов контроля: санитарно-карантинного, ветеринарного и карантинного фитосанитарного.

Осуществляя санитарно-карантинный, ветеринарный и карантинно фитосанитарный контроль таможенные органы в пунктах пропуска будут принимать и проверять соответствующие документы на ввозимые товары.  В случае сомнений в подлинности или при некомплекте документов таможенные органы будут передавать их на проверку подразделениям  Роспотребнадзора и Россельхознадзора. Передача таможенным органам части полномочий Россельхознадзора и Роспотребнадзора не предполагает полный уход с границы этих служб.

Данные изменения касаются только юридических лиц. Физические лица, перемещающие через границу продукты питания, животных и растения, могут узнать о правилах провоза на официальных Интернет-сайтах Роспотребнадзора и Россельхознадзора. В отношении перемещаемых ими товаров соответствующие виды государственного контроля будут осуществляться специалистами Роспотребнадзора и Россельхознадзора.

В июне 2011 года  будут проведены совместные заседания межведомственных рабочих групп таможенных органов, Россельхознадзора и Роспотребнадзора по вопросу согласования действий в отношении контролируемых товаров, ввезенных на территорию Российской Федерации с нарушениями ветеринарных, фитосанитарных и санитарных правил.

Межведомственные рабочие группы были созданы в преддверии вступления в силу положений Федерального закона от 28 декабря 2010 года № 394-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с передачей полномочий по осуществлению отдельных видов государственного контроля таможенным органам Российской Федерации».

ФТС России подготовлены проекты нормативных актов, направленных на реализацию Федерального закона от 28 декабря 2010 г., № 394-ФЗ. Принятие данных актов создает необходимую нормативную базу, регулирующую порядок осуществления указанных видов государственного контроля.