3 апреля 2012 года в соответствии с приказом ФТС России от 14.12.2011 № 2509 «О реорганизации Амурской и Хабаровской таможен и увеличении численности Дальневосточного энергетического поста (со статусом юридического лица)» к Хабаровской таможне будет присоединена Амурская таможня.
 Штатная численность Хабаровской таможни составит 533 единицы. В настоящее время в состав таможни входят четыре таможенных поста: Хабаровский, Бикинский, Приамурский (центр электронного декларирования) и таможенный пост Аэропорт Хабаровск, в связи с реорганизацией двух Дальневосточных таможен в состав Хабаровской таможни войдут еще три таможенных поста: Комсомольский-на-Амуре, Ленинский и Николаевский.
 Расширится регион деятельности Хабаровской таможни. Помимо 9 районов Хабаровского края (Аяно-Майский, Бикинский, Верхнебуреинский, Вяземский, им. Лазо, Нанайский, им. Полины Осипенко, Тугуро-Чумиканский, Хабаровский) и городов краевого подчинения Бикин и Хабаровск в регион деятельности таможни войдут Амурский, Комсомольский, Николаевский, Ульчский, за исключением Де-Кастринского сельского поселения, Охотский и Солнечный районы, а также города краевого подчинения Амурск, Комсомольск-на-Амуре, Николаевск-на-Амуре. Акватория вод территориального моря Российской Федерации, омывающего берега указанных административных образований также входит в регион деятельности таможни.