Южным таможенным управлением проводится активная работа по реализации Концепции таможенного оформления и таможенного контроля товаров в местах, приближенных к государственной границе Российской Федерации. В рамках реализации Концепции в отношении «внутренних» таможенных постов ЮТУ (не имеющих в регионе деятельности пунктов пропуска через государственную границу РФ) проводятся мероприятия по их ликвидации с перераспределением штатной численности, что вызвано необходимостью концентрации сил и средств таможенных органов в приграничных районах, в первую очередь на вводимых в строй современных пунктах пропуска на росийско-украинской границе. Только за последние два года ликвидировано 17 «внутренних» таможенных постов. При проведении мероприятий по реорганизации таможенных постов учитывается логистика транспортных потоков, объемы внешнеторгового товарооборота, активность участников внешнеэкономической деятельности, наличие объектов транспортной и таможенной инфраструктуры.
 
 В связи с нахождением ряда таможенных постов в жилых зонах городов, высокой нагрузкой на дорожную сеть, отсутствием в крупных городах необходимой инфраструктуры, позволяющей осуществлять эффективный таможенный контроль, Концепцией предусмотрен вывод таможенных постов за пределы жилых зон крупных городов. За последние годы данные мероприятия проведены в Астрахани, Волгограде, Крымске, Таганроге. В 2012 году аналогичные мероприятия планируется провести в отношении Батайского таможенного поста.
 
 Одним из ключевых положений Концепции, направленных на перенос таможенных операций в места, приближенные к государственной границе РФ, является создание на приграничной территории и в непосредственной близости от транспортных артерий таможенно-логистических терминалов. На сегодняшний день в Южном таможенном управлении функционируют 3 таможенно-логистических терминала:
 
 ТЛТ «Новошахтинский» расположен в 12 км от крупнейшего в регионе автомобильного пункта пропуска – МАПП Новошахтинск Ростовской таможни – в 2 км от федеральной трассы М21 (Волгоград – Каменск-Шахтинский – Днепропетровск), 15 км от федеральной трассы М4 «Дон» (Москва-Ростов-на-Дону-Краснодар-Новороссийск). На ТЛТ с 12.01.2011 размещен Несветайский таможенный пост.
 
 ТЛТ «Темрюкский» в регионе деятельности Краснодарской таможни ориентирован на товары, ввозимые на таможенную территорию Российской Федерации через черноморские порты Кавказ и Темрюк. ТЛТ расположен в промышленной зоне г. Темрюк. Данный ТЛТ обладает значительным потенциалом для развития мультимодальных перевозок и концентрации транспортных потоков, проходящих через активно развивающиеся порты Таманского полуострова. На терминале дислоцируется таможенный пост Морской порт Темрюк Краснодарской таможни.
 
 ТЛТ «Донецкий» в регионе деятельности Миллеровской таможни создан на базе СВХ ООО «РОСТЭК-Интер», расположен в 43 км от МАПП Донецк и 2 км от федеральной трассы М-4. С 20.04.2011 на ТЛТ размещен отдел таможенного оформления и таможенного контроля № 2 Краснянского таможенного поста.
 
 Вместе с тем, определенные сложности в дальнейшей реализации Концепции в настоящее время вызывает создание таможенно-логистического терминала «Волошинский» в регионе деятельности Миллеровской таможни вблизи многостороннего автомобильного пункта пропуска Волошино. Руководство Миллеровской таможни неоднократно встречалось с представителями бизнеса, администрацией Миллеровского района для рассмотрения предложений по созданию современной транспортно-логистической и складской инфраструктуры, что способствовало бы повышению качества предоставляемых услуг, формированию рациональной логистики и, в конечном счете, снижению издержек участников ВЭД. Однако в течение двух лет вопросы так и не решаются, местный бизнес не проявляет должной заинтересованности в развитии околотаможенной инфраструктуры, ссылаясь на отсутствие свободных денежных средств, необходимых для инвестирования в проект создания ТЛТ. В связи с этим ЮТУ рассматривает вопрос о подготовке предложений по изменению местонахождения или реорганизации Краснянского таможенного поста Миллеровской таможни как исчерпавшего свой потенциал для дальнейшего развития в существующих условиях.