Согласно переходным положениям, содержащимся в Таможенном кодексе ЕАЭС, уполномоченные экономические операторы, включенные в реестр до 1 января 2018 года, в течение двух лет могут функционировать в соответствии с ранее установленным порядком.

В ТК ЕАЭС принципиально изменились подходы к институту УЭО. Так, существенно расширен перечень специальных упрощений и введено разделение типов свидетельства о включении в реестр УЭО в зависимости от упрощений, предоставляемых лицу. Юридическим лицам, включенным в реестр УЭО с выдачей свидетельства первого типа, предоставляются упрощения, направленные на совершение таможенных операций при прибытии/убытии товаров, таможенном декларировании и выпуске, проведении таможенного контроля в форме таможенного досмотра и/или осмотра в первоочередном порядке и некоторые другие. Упрощения, предоставляемые лицам, включенным в реестр УЭО с выдачей свидетельства второго типа, в большей степени связаны с временным хранением товаров на площадках и складах УЭО, доставкой и размещением в зоне таможенного контроля, расположенной на указанных территориях, проведением таможенного контроля и совершением таможенных операций при завершении таможенной процедуры таможенного транзита, совершением таможенных операций с использованием технологии удаленного выпуска, если таможенные органы оформления и фактического нахождения товаров расположены на территории одного государства ЕАЭС. Наиболее широкий перечень специальных упрощений предоставляется уполномоченным экономическим операторам, включенным в реестр УЭО с выдачей свидетельства третьего типа, которое дает право использовать специальные упрощения, предусмотренные свидетельствами первого и второго типа.

Кроме того, ТК ЕАЭС предусмотрены особенности проведения таможенного контроля в отношении товаров, перемещаемых УЭО: закреплено положение, согласно которому на законодательном уровне все лица, включенные в реестр УЭО, отнесены к низкой категории риска, закреплена возможность проведения таможенного досмотра и осмотра в первоочередном порядке, а для УЭО, включённых в реестр с выдачей свидетельства II и III типа, меры фактического контроля проводятся на складах и площадках оператора.
ТК ЕАЭС предусматривает гораздо большее количество критериев для присвоения статуса УЭО, чем это было ранее: в частности, минимальный срок для осуществления внешнеэкономической деятельности должен составлять 3 года (для перевозчиков – 2 года), в течение каждого из которых должно быть подано определенное количество ДТ либо совершены таможенные операции в отношении определенного количества товаров; также необходимо соответствие критериям финансовой устойчивости (для свидетельств II и III типов) и соблюдение требований не только к площадкам УЭО, но и к персоналу (наличие опыта ВЭД или соответствующего образования в сфере ВЭД), к транспортным средствам, к системе учета организации (в том числе удаленный доступ к данной системе учета). Такие требования, как отсутствие задолженности по уплате таможенных платежей, отсутствие фактов неоднократного привлечения к административной ответственности организации и отсутствие судимости у ее работников должны соблюдаться во всех государствах-членах ЕАЭС. Количество статей КоАП России, которые влияют на наличие статуса УЭО, увеличилось с 9 до 47, а статей Уголовного кодекса Российской Федерации – с 13 до 30. Кроме того, УЭО не должен быть взаимосвязанным с юридическим лицом, которое было лишено статуса УЭО в связи с нарушением таможенного законодательства.

В два раза увеличено количество оснований для приостановления деятельности УЭО. В частности, в соответствии с ТК ЕАЭС деятельность УЭО подлежит приостановлению в случае наличия задолженности по уплате таможенных платежей, при неподаче в установленный срок ДТ при выпуске товаров до подачи ДТ, при неисполнении обязанностей, предусмотренных таможенным законодательством. Проектом федерального закона предусмотрена норма о возможности автоматического принятия решений о приостановлении деятельности УЭО. Число оснований для лишения статуса УЭО увеличено.